RNABag · Transcriptome foundation model
一个模型，连接多种转录组任务
RNABag 以 TCGA 与 GTEx 表达谱为基础，通过高变基因选择、in silico augmentation 与共享 RNA 编码器，学习可在 solid biopsy 与 liquid biopsy 之间迁移的通用转录组表征。
从输入模态到 Task 输出，沿着三个章节理解一次完整的研究分析。
01
统一表征
4096 个高变基因与 Gene ID 编码成可迁移的 RNA representation。
02
跨样本任务
组织、血浆与血小板输入由不同 prediction head 连接到研究问题。
03
可解释输出
从样本级预测回到基因与通路贡献。
Pinned scrollytelling stage
沿着三章完成一次分析
先选择输入模态，再一次运行该模态对应的全部 Task；结果以 cohort summary 与 interactive matrix 连续展示。
01 MODULE
先建立正确的样本上下文
用户根据 input 类型选择 Module；组织、血浆或血小板 RNA 各自运行一组固定 Task，不再要求逐项选择。
Open MODULE stage ↘02 INPUT
让表达矩阵变得可读
UTF-8 TSV 经过 GeneID mapping、ordered 4096 HVG selection 与 log1p transformation，再依次进入当前模态的全部 Task。
Open INPUT stage ↘01 MODULE
根据 input 类型选择 Module，并运行该 Module 的全部 Task。
Sample modality · click to expand
一次选择，完成整组分析提交分析后会按顺序运行该模态关联的全部 Task；样本卡片先显示 Cancer / Healthy，完整 Task 概率在展开详情中查看。